1919 թ. մայիսի 16-ին ՀՀ նախարարների խորհուրդը որոշում է ընդունում Երևանում հիմնել համալսարան 4 բաժիններով` պատմալեզվաբանական, տնտեսաիրավաբանական, բժշկական, ֆիզիկամաթեմատիկական` տեխնիկական ստորաբաժանումներով:

Նախատեսվում է 1919-1920 ճեմարանական տարում առաջին հերթին բացել պատմալեզվաբանական բաժինը:

1920 թ. հունվարի 31-ին համալսարանը ժամանակավորապես բացվում է Ալեքսանդրապոլի առևտրական դպրոցի շենքում, քանի որ Երևանում համապատասխան շենքային պայմաններ չկային: Բացման հանդիսությանը ներկա էին հանրապետության վարչապետ Ա. Խատիսյանը, մշակույթի ու հանրային կրթության նախարար Ն. Աղբալյանը, բազմաթիվ հյուրեր Հայաստանից և այլ երկրներից: Նոր ուսումնական տարվանից համալսարանը տեղափոխվում է Երևանի ուսուցչական սեմինարիայի շենք և կոչվում Հայաստանի ժողովրդական համալսարան, իսկ 1922-ից` պետական համալսարան:

Հայաստանն այդ տարիներին ծայրահեղ ծանր սոցիալ-տնտեսական ու սանիտարահամաճարակային անմխիթար պայմաններում էր: Գրեթե ողջ բնակչությունը զրկված էր ամենապարզ բուժօգնություն ստանալու հնարավորությունից: Այդ իսկ պատճառով հետևողական աշխատանք էր տարվում բժշկական ֆակուլտետի բացման ուղղությամբ:

1920-ի հոկտեմբերի վերջին նախարարապետ Հ. Օհանջանյանի և հանրային կրթության նախարար Գ. Ղազարյանի ստորագրությամբ ընդունվում է որոշում` «Համալսարանում բժշկական ֆակուլտետի մասին»: Սակայն քաղաքական հանգամանքների բերումով այն կյանքի չի կոչվում:

1920 թ. նոյեմբերի 29-ին Հայաստանը հռչակվում է խորհրդային հանրապետություն:

1922 թ. մարտին Երևանի բժշկական դպրոցի բազայի վրա հիմնվում է Երևանի պետական համալսարանի բժշկական ֆակուլտետը: Դեկան է նշանակվում առողջապահության հմուտ կազմակերպիչ, բժշիկ Սպանդարատ Կամսարականը: Ուսումնական գործընթացը կազմակերպվում էր մեծ դժվարություններով. դասախոսությունների ու գործնական պարապմունքների համար չկային լսարաններ, լաբորատորիաներ, կլինիկական հիվանդանոցներ, բժշկական սարքավորումներ ու գործիքներ, դասագրքեր, իսկ պրոֆեսորադասախոսական կազմը բաղկացած էր ընդամենը 6 հոգուց:

Բժշկական ֆակուլտետի համար սկզբնական շրջանում ուսումնական բազա է դառնում Անատոմաֆիզիոլոգիական ինստիտուտը, որը տեղակայված էր նվազագույն հարմարություններից զուրկ մի խղճուկ շենքում: Այստեղ մի կերպ տեղավորվում են նորմալ անատոմիայի, ֆիզիոլոգիայի և հյուսվածաբանության ամբիոնները: Ախտաբանական անատոմիայի ամբիոնը ժամանակավորապես տեղավորվում է քաղաքային 2-րդ հիվանդանոցի հերձարանում, իսկ ֆարմակոլոգիայի ամբիոնը` քաղխորհրդի մշակույթի տան սենյակներից մեկում:

Երկրորդ հանրապետության հեղկոմի 1920 թ. դեկտեմբերի 22-ի դեկրետով ստեղծվում է առողջապահության ժողկոմատ: Վերջինիս որոշմամբ 1921 թ. նոյեմբերի 3-ին Երևանի քաղաքային հիվանդանոցին առընթեր բացվում է բժշկական կադրերի պատրաստման դպրոցը: Փաստորեն, Հայաստանում դա առաջին ուսումնական հաստատությունն էր, որտեղ պետք է բժշկական կադրեր պատրաստվեին: Դպրոցի ուսումնական ծրագրերը համապատասխանեցված էին բարձրագույն կրթական պահանջներին: Սակայն ուսումնական կանոնավոր գործընթացի ապահովման համար անհրաժեշտ պայմաններ չկային:

1922-27թթ.-ին հիմնականում ավարտվում է ինչպես տեսական, այնպես էլ` կլինիկական ամբիոնների կազմավորումը:

1927-ին կառուցվում է անատոմիական մասնաշենքի մի մասը, ուր տեղափոխվում են տեսական ամբիոնները, իսկ Անատոմաֆիզիոլոգիական ինստիտուտը լուծարվում է:

Արձագանքելով հայրենիքի կոչին` հայ անվանի բժիշկներ` պրոֆեսորներ Համբարձում Քեչեկը, Գրիգոր Մեդնիկյանը, Խաչատուր Արխիպյանցը, Հովնան Գաբրիելյանը, Արտաշես Մելիք-Ադամյանը, Անդրեաս Արզումանյանը և ուրիշներ, համալրում են ֆակուլտետի պրոֆեսորադասախոսական կազմը։ 1930-ին նրանց թիվը հասնում է 102-ի:

1927-ին բարձրագույն բժշկական հաստատությունը տալիս է իր առաջին 32 շրջանավարտը:

1930-ին ՀԽՍՀ կառավարության որոշմամբ` պետական համալսարանի ֆակուլտետների հիման վրա ստեղծվում են ինքնուրույն ինստիտուտներ, այդ թվում և պետական բժշկականը: Բժշկական ինստիտուտի առաջին ռեկտորն (դիրեկտոր) էր 1922-30թթ.-ին պետհամալսարանի ռեկտոր Հակոբ Հովհաննիսյանը, ով բուհ ղեկավարելու մեծ փորձ ու հմտություն ուներ:

Սկզբնական շրջանում ընդունելությունը կազմակերպվում էր տարերայնորեն, այդ պատճառով մինչև 1930-ը բժշկական ֆակուլտետը տվել էր ընդամենը 136 բժիշկ: Միայն 1930-31 ուստարվանից արդեն առանձնացված բժշկական ինստիտուտի համար սահմանվում է 150 տեղ: Հետաքրքրական է, որ բժշկական ֆակուլտետի փոքրաթիվ ուսանողների մոտ 30 տոկոսը Վրաստանի, Ադրբեջանի, Ռուսաստանի և Իրաքի քաղաքացիներ էին:

Մինչև 1931-ը բուհն ուներ միայն բուժպրոֆիլակտիկ ֆակուլտետ:

1931-32 ուստարում բացվում է սանիտարահիգիենիկ ֆակուլտետը, 1939-ին` նաև բուժպրոֆիլակտիկ ֆակուլտետի ռուսական բաժինը, քանի որ ինստիտուտ ընդունվելու էին գալիս խորհրդային այլ հանրապետությունների ռուսական կրթությամբ հայ երիտասարդներ:

1936-ին ԽՍՀՄ ժողկոմխորհի որոշմամբ ինստիտուտին ատենախոսությունների պաշտպանության իրավունք է տրվում: Բժշկականում արդեն պաշտպանվում էին ատենախոսություններ և շնորհվում բժշկական գիտությունների թեկնածուի, իսկ 1944-ից` նաև դոկտորի գիտական աստիճաններ: Մինչ այդ դրանք պաշտպանվում էին Մոսկվայում, Լենինգրադում, միության այլ քաղաքներում:

Բժշկական ինստիտուտը ևս զերծ չի մնում անհատի պաշտամունքի ծանր հետևանքներից: 1937-ին մի խումբ անվանի դասախոսների և հմուտ ղեկավարների ներկայացվում են անհիմն ու մտացածին մեղադրանքներ, ոմանք էլ դառնում են ստալինյան ոճրագործ քաղաքականության զոհ: Այդ մեքենայությունների հետևանքով ընդհատվում է Հ. Միրզա-Ավագյանի, Հ. Հովհաննիսյանի, Ս. Կամսարականի, Ս. Բաղդասարյանի, Ա. Շահվերդյանի և ուրիշների բեղմնավոր գործունեությունը:

Նոր ու դժվարին փորձություններ էին սպասվում հայրենական մեծ պատերազմի տարիներին: Ինստիտուտի անձնակազմն ու ուսանողները գործող բանակի կազմում և թիկունքի հոսպիտալներում պատվով կատարում են իրենց պարտքը հայրենիքի հանդեպ: Հայաստանի տարբեր շրջաններում ու քաղաքներում ստեղծվում են բազմաթիվ էվակո-հոսպիտալներ, որոնցում աշխատող բժիշկներն ու ղեկավարները հիմնականում բժշկականի նախկին սաներն էին: Պատերազմի տարիներին ինստիտուտում կատարված 85 գիտական աշխատանքներից 56-ը պաշտպանական նշանակություն ունեին:

Պատերազմի սկզբից Երևան էին փոխադրվել Կրասնոդարի և Օրջոնիկիձեի բժշկական ինստիտուտները` իրենց ուսանողներով և պրոֆեսորադասախոսական կազմով: Մեր բժշկականի կլինիկական բազաները, լաբորատորիաներն ու լսարանները ծառայում էին նաև նրանց:

Պատերազմի տարիներին ևս կանոնավոր կերպով կազմակերպվում էին գիտական նստաշրջաններ, որոնք պարբերաբար հրավիրվում էին 1935-ից:

Ինստիուտն առանձնապես մեծ թվով` 800 շրջանավարտ տվել է պատերազմի 4 տարիներին: Մինչդեռ 1927-ից մինչ այդ Հայաստանում բժշկական բարձրագույն կրթություն էր ստացել 873 մասնագետ:

1947-ին ստեղծվում է ուսանողական գիտական ընկերությունը` ուսանողների շրջանում գիտահետազոտական աշխատանքներ կատարելու ձգտումը զարգացնելու և ապագա մանկավարժակական կադրերի ընտրության գործն ավելի դյուրին դարձնելու նպատակով: Ամբիոններին կից ևս գիտական խմբակներ են ձևավորվում:

1930-ին հիմնադրվում է գիտական գրադարանը: 1958-ին սկսվում է հրատարակվել «Ապագա բժիշկ» թերթը, որը մինչ օրս լուսաբանում է համալսարանի կյանքը: Հետագայում ստեղծվում է նաև ինստիտուտի տպարանը, որի շնորհիվ ամբիոններն ապահովվում են մեթոդական և ուսումնական անհրաժեշտ նյութերով:

1957-ին հնարավորություն է տրվում սփյուռքահայ երիտասարդությանը բժշկական բարձրագույն կրթություն ստանալ մայր հայրենիքում: Ստեղծվում է արտասահմանցի ուսանողների բաժինը։ Երևանում բժշկի մասնագիտություն են ձեռք բերում հայազգի երիտասարդներ Սիրիայից, Լիբանանից, Հորդանանից, Եթովպիայից, Իրանից, Սուդանից, Կիպրոսից, Բուլղարիայից, Հունգարիայից, Ֆրանսիայից, Մեծ Բրիտանիայից և այլ երկրներից:

Իր գործունեության ողջ ընթացքում բժշկական կադրերի պատրաստմանը զուգընթաց ինստիտուտը զբաղվել է նաև գործող բժիշկների մասնագիտացման ու կատարելագործման հարցերով: Այդ աշխատանքներն ամուր հիմքերի վրա դնելու, հանրապետության բոլոր բուժհիմնարկներում աշխատող բժիշկների մասնագիտական մակարդակը բարձրացնելու նպատակով 1958-ին ինստիտուտում ստեղծվում է բժիշկների կատարելագործման ֆակուլտետն իր ամբիոններով, որի բազայի վրա էլ 1963-ին հիմնադրվում է բժիշկների կատարելագործման Երևանի համամիութենական ինստիտուտը (ներկայումս՝ Առողջապահության ազգային ինստիտուտը): Վերջինիս կրթական բաղադրիչը կառավարության որոշմամբ 2011-ին միավորվում է բժշկական համալսարանի կրթական համակարգին` բժիշկների պատրաստման երկարատև գործընթացը կադրային ու կառուցվածքային անհրաժեշտ հնարավորություններով, նաև կլինիկական բազաներով ապահովված մեկ ուսումնական հաստատությունում կազմակերպելու նպատակով:

Հանրապետությանը որակլյալ մանկաբույժներով ապահովելու նպատակով 1958-ին հիմնադրվում է մանկաբուժության ֆակուլտետը:

1961-ին ստեղծվում է ստոմատոլոգիական ֆակուլտետը` իր ամբիոններով, իսկ

1964-ին` գիտահետազոտական լաբորատորիան (1992-ից` գիտահետազոտական կենտրոն):

1970-ին ինստիտուտում սկսում է գործել արվեստի համալսարանը` պայմանական երկու ֆակուլտետով` երաժշտության և կերպարվեստի: Ապագա բժիշկներին արվեստի այդ ճյուղերը ներկայացնում էին արվեստի անվանի գործիչները, կոնսերվատորիայի դասախոսները:

1971-ին ԽՍՀՄ գերագույն խորհրդի հրամանագրով հաստատվում է խորհրդային բժշկի երդման տեքստը:

1972-ին հիմնադրվում է դեղագիտական, իսկ 1973-ին` հասարակական մասնագիտությունների ֆակուլտետը: 1975-ին ստեղծվում է նախապատրաստական բաժանմունքը, որտեղ դասընթացներ անցնելով` ինստիտուտ էին ընդունվում հիմնականում արտադրությունից եկած և խորհրդային բանակից զորացրված երիտասարդները:

Բժշկական բարձրորակ կադրերի պատրաստման գործում ձեռք բերած հաջողությունների և հիմնադրման 50-ամյակի առթիվ 1980-ին Երևանի բժշկական ինստիտուտը պարգևատրվում է Աշխատանքային կարմիր դրոշի շքանշանով:

Հայաստանի նախարարների խորհրդի 1989թ. մայիսի 25-ի որոշմամբ Երևանի բժշակական ինստիտուտը կոչվում է միջնադարի մեծ բժշկապետ ու մտածող Մխիթար Հերացու անունով:

1985-ից ինստիտուտում սովորելու են գալիս նաև այլազգիներ` արաբներ, հնդիկներ, պարսիկներ, լաոսցիներ և այլն:

Ինստիտուտի ուսանողների և դասախոսների համար քաղաքացիական ու մասնագիտական պարտքի դրսևորման մեծ փորձություն դարձավ Հայաստանի 1988-ի դեկտեմբերյան աղետալի երկրաշարժը: Այդ ծանր օրերին նրանք մասնագիտական պարտքի ու մարդասիրության փայլուն օրինակ են ցուցաբերում: Հենց դեկտեմբերի 7-ին ինստիտուտում ստեղծվում է օպերատիվ շտաբ՝ ռեկտորի գլխավորությամբ: Նույն օրը բժշկականի շուրջ 200 ուսանողներ իրենց դասախոսների ղեկավարությամբ Սպիտակում ու Լենինականում տուժածներին առաջին բուժօգնություն են ցուցաբերում: Ամեն օր աղետի գոտի են մեկնում ուսանողների 200-250 հոգանոց նոր ջոկատներ: Ինստիտուտում կազմակերպվում է դոնորական կետ, մեկ օրում ավելի քան 400 հոգի անվարձահատույց արյուն է հանձնում: Ուսանողուհիները շուրջօրյա հերթապահություններ են սահմանում Երևանի հիվանդանոցներում` խնամելով վիրավորներին:

1991-ին Հայաստանի Հանրապետությունը հռչակվում է անկախ պետություն: Անցումային շրջանին բնորոշ օբյեկտիվ դժվարություններից բացի, 1992-95թթ.-ին հանրապետությունը հայտնվում է տնտեսական և էներգետիկ ճգնաժամի մեջ: Սակայն այդ դաժան տարիներին անգամ, երբ կաթվածահար էին երկրի տնտեսությունը, տրանսպորտը, կրթական համակարգը, Երևանի բժշկական համալսարանը շարունակում է գոյատևել և անգամ զարգացում ապրել:

Ժամանակի հրամայականով՝ 1992-ին, երբ Հայաստանը հայտնվում է չհայտարարված պատերազմի մեջ, անհրաժեշտություն է առաջանում պատրաստել զինվորական բժիշկներ: 1994-ին համալսարանի` երկու տարի առաջ ստեղծված ռազմական ամբիոնի բազայի վրա հիմնադրվում է ռազմաբժշկական ֆակուլտետը:

1992-ին համալսարանի ուսանողների նախաձեռնությամբ կազմավորվում է ուսանողական խորհրդարանը, որը կարևոր դերակատարություն է ունենում ներբուհական աշխատանքների կազմակերպման գործում:

1997-ին բժշկական համալսարանում սկսում է գործել դասախոսների որակավորման բարձրացման գործընթացը, քանի որ ԽՍՀՄ կազմալուծումից հետո դասախոսներն այլևս հնարավորություն չունեին մասնագիտական որակավորումը բարձրացնել միության կենտրոնական քաղաքներում:

1999-2000 ուսումնական տարում բուժական, մանկաբուժական և բժշկական կանխարգելման ֆակուլտետները միավորվում են մեկ` ընդհանուր բժշկության ֆակուլտետի կազմում:

Բժշկական համալսարանն ակնառու հաջողությունների է հասնում միջազգային կապերի զարգացման և համագործակցության ասպարեզում: Գործարար սերտ կապեր են հաստատվում Ֆրանսիայի, Հունաստանի, ԱՄՆ-ի, Ռուսաստանի, Իրանի և այլ երկրների բժշկական ուսումնական հաստատությունների հետ: Տարեցտարի ընդլայնվում է դասախոսների, ուսանողների, կլինիկական օրդինատորների փոխայցելությունների շրջանակը:

Նկատի ունենալով Երևանի բժշկական իսնտիտուտի մեծ ու ծանրակշիռ ներդրումը բժշկական կադրերի պատրաստման և բժշկագիտության զարգացման գործում` ՀՀ կառավարությունը 1995-ին նրան տալիս է համալսարանի կարգավիճակ:

Ապագա բժիշկների պատրաստումն ու հետդիպլոմային ուսուցումը լավագույնս կազմակերպելու նպատակով կառավարության որոշմամբ նույն թվականին (1995թ. մարտի 15-ի 1940 որոշում) բժշկական համալսարանի ենթակայությանն է հանձնվում հարևանությամբ գտնվող հիվանդանոցային ողջ համալիրը:

2005-2006 ուսումնական տարում ԵՊԲՀ-ն անցնում է երկաստիճան կրթական համակարգի՝ միջազգային չափորոշիչներին համապատասխան կրթակարգ ունենալու նպատակով։

2010-ին առողջապահության ոլորտում բարձր որակավորում ունեցող բժիշկների ու դեղագետների պատրաստման նպատակով համալսարանում բացվում է հետբուհական և շարունակական կրթության ֆակուլտետը։

Բժշկական մայր բուհում այսօր կրթություն է ստանում ավելի քան 8000 ապագա բժիշկ։ Ուսումնագործնական և գիտահետազոտական աշխատանքները կազմակերպվում են գործող 100-ից ավելի ամբիոններում, Երևանի առաջատար կլինիկական բազաներում ու գիտահետազոտական կենտրոններում։

Բուհի ավելի քան 1100 դասախոսներից 171-ը գիտությունների դոկտորներ են, 504-ը` գիտությունների թեկնածուներ: Համալսարանում գիտամանկավարժական աշխատանք են կատարում ՀՀ ԳԱԱ 7 ակադեմիկոսներ: Գիտական հզոր այս ներուժը լուրջ դերակատարություն ունի Հայաստանում բժշկագիտության և հարակից գիտությունների զարգացման գործում։